Harminc éve folyamatosan a siófoki kórház igazgatója, 1988-tól a Magyar Kórházszövetség elnökségének tagja. 1998-tól 2000-ig a szövetség elnöke volt. 2007-től történő újraválasztása miatt kérte felmentését a Magyar Egészségügyi Menedzser Klub elnöki tisztségéből, melyet 4 évig töltött be. Feladatai közé tartozik a terület lakosságának és az idegenforgalom egészségügyi ellátásának szervezése. A kórház nehéz körülmények között is gazdaságilag stabil. A sajtóban megjelent hírek szerint a július 1-i finanszírozáscsökkenés és a szeptember 1-i megszorító csomag ellenére sem kell drasztikus lépéseket tenniük.
Varga Ferenc idén nyáron aktív szerepet vállalt - az egészségügyben is problémákat okozó - színlelt szerződések körüli nehézségek feloldásában. Munkájának eredményeként utólag a siófoki kórház is bekerült a súlyponti kórházak közé. Jelenleg az ennek megfelelő szakmai feltételek biztosításán dolgozik. 2000-ben munkáját Batthyányi Stratmann László díjjal jutalmazták, 2005-ben a Magyar Köztársaság Arany Érdemkereszt fokozatát vehette át.
