A rendelkezések - Brüsszel érvelése szerint - összeegyeztethetetlenek az EK-szerződés által biztosított szolgáltatásnyújtási szabadsággal. Ha a Bizottság két hónapon belül nem kap kielégítő választ az indoklással ellátott véleményre, az ügyet az Európai Bíróság elé utalhatja.
A magyar jogszabály kedvezményesebb elbánásban részesíti a magyar felsőoktatási intézmény és a Magyar Tudományos Akadémia által alapított kutatóintézet (kutatóhely) kezelésében lévő területen végzett alapkutatást, alkalmazott kutatást vagy kísérleti fejlesztést, mint a más uniós tagállamban vagy EGT/EFTA-országban lévő hasonló helyszínen végzett kutatás-fejlesztési tevékenységet.
Ennek eredményeképpen - olvasható az indoklásban - a fenti rendelkezések visszatartják a magyar társaságokat és vállalkozásokat attól, hogy kutatás-fejlesztési tevékenységeiket más EU tagállamban vagy EGT/EFTA-országban végezzék, és ezért korlátozzák az EK-szerződés által biztosított szolgáltatásnyújtási szabadságot.
A bizottsági vélemény alapja az Európai Bíróság által a Laboratoires Fournier SA ügyben 2005. március 10-én hozott ítélet, illetve az EK-szerződés abban foglalt értelmezése.
