A szervezetet dr. Karácsoni-Pej Melinda irányítja majd, ez derül ki a Magyar Közlöny csütörtöki számából. A vezetőt az európai uniós források felhasználásáért felelős miniszter javaslatára nevezte ki a miniszterelnök. A megbizatás jövő év január 1-jétől négy évre szól. Karácsoni-Pej Melinda korábban a NAV bűnügyi főigazgató-helyettese volt.
A 24.hu utal rá, hogy a Belső Ellenőrzési és Integritási Igazgatóság Navracsics Tibor területfejlesztésért és az uniós források felhasználásáért felelős miniszter alá tartozik. Honlapja szerint többek között elvégzi az összeférhetetlenségi nyilatkozatok és az érdekeltségi nyilatkozatok mintavételes ellenőrzését, valamint kivizsgálja az összeférhetetlenség megállapítására irányuló bejelentéseket és anonim bejelentőrendszert működtet.
