A sokak által színjátéknak tartott bírósági tárgyalást követően 9 év börtönbüntetésre ítélt Hodorkovszkij a kínai határ közelében található Krasznokamenszk nevű szibériai városka melletti fegyintézetbe került. A humorérzékét - az általa koncepciósnak tartott ügy ellenére is - megőrző olajmágnás mindenesetre nem felejtette el a hatóságoknak megköszönni, hogy olyan helyre küldték, ahová - hozzá hasonlóan - korábban a cári önkényuralommal szembeszegülőket is száműzték. A hivatalos beszámolók ugyanakkor megemlítik, hogy a büntetésvégrehajtási intézet oroszországi viszonylatban komfortosnak számít, az elítétek kényelmét állítólag konditerem és szauna is szolgálja. Megjegyzendő ugyanakkor, hogy a téli időjárási viszonyok meglehetősen mostohák, -18 és -33 Celsius fok közötti hőmérsékletre kell felkészülnie a büntetésüket Szibériában töltőknek.
Hodorkovszkijra a beszámolók szerint a szokásos börtönélet vár, a büntetése alatt végzett munkáért 23 rubelt kereshet naponta, amely 80 centnek megfelelő összeget jelent. A telepen uránbánya, betontermelő üzem és autójavító műhely is van, a fegyencek így többféle munkát végezhetnek - idéz egy helyi sajtóforrást a BBC. Emellett varrodát is üzemeltet a JaG-14/10 ahol a rabok ruhái mellett a rendőrség számára is készülnek uniformisok.
Ami Oroszország valaha leggazdagabb emberének a rabtársait illeti, többségüket lopásért ítéltek 3-5 éves szabadságvesztésre. Az átlagéletkoruk ugyanakkor a jelenleg 42 éves Hodorkovszkijnak szinte a fele, 24 év. A JaG 14/10-es börtöntelepen jelenleg ezren raboskodnak, az oligarchát egy vele együtt ötvenfős fegyenccsoportba osztották be. A Kommerszant című lap szerint Hodorkovszkij egy olyan barakk emeleti részén kapott priccset, amelynek földszintjén egy "nehézsúlyú" bűnözőkből álló brigád lakik, akikkel szót kell értenie a látványos emelkedésen és csúfos bukáson átesett vállalkozónak.
Az eredetileg vegyész végzettségű Hodorkovszkij a kötelező munka és a napi háromszori névsorolvasás mellett idejét disszertáció írására akarja használni. E célból két bőröndnyi könyvet vitt magával egy csitai regionális szóvivő szerint.
