A 19 magán-nyugdíjpénztárból 15 nyereséges, 4 pedig veszteséges volt. A 43 önkéntes nyugdíjpénztár közül 24 volt nyereséges, 28 veszteséges, 1 pedig nullszaldós. Az egészségpénztárak táborában a 43 pénztár közül 24 nyereséggel, 18 veszteséggel, 1 pedig nullszaldóval zárta 2006-ot. A 39 önsegélyező pénztárból pedig 17 nyereséges, 22 veszteséges volt.
A PSZÁF elemzése a működési költségek emelkedésével magyarázza a veszteségeket. A magány-nyugdíjpénztárak körében kiemeli, hogy különösen a személyi jellegű kifizetések növekedtek. A pénztárak egy részénél az alapító intézmények fedezték a veszteséget. Erre a célra adományt illetve támogatást 1 milliárd 141 millió forint összegben kaptak a pénztárak, a legtöbbet - 485 milliót - az egészségpénztárak.
Az egy tagra jutó működési költség a magán pénztáraknál 4,6 százalékkal emelkedett 2006-ban, és 5310 forintot tett ki. Fajlagosan legdrágábban az önsegélyező egészségpénztárak működtek, tagonként 9501 forinttal, és egy év alatt 11,3 százalékos növekedéssel. Az önkéntes nyugdíjpénztáraknál 3,4 százalékos emelkedéssel 3850 forint volt a fajlagos működési költség. A felügyelet az egészségpénztáraknál mutatott ki egyedül csökkenést, 16 százalékkal esett az egy tagra jutó működési költség, és így 6513 forintot tett ki.
Az egészségpénztárak 27,4 milliárd forint összegben nyújtottak szolgáltatást 2006-ban. Ennek 41,2 százaléka volt a gyógyszerekhez, 18,4 százaléka a gyógyászati segédeszközökhöz adott támogatás, 17,7 százaléka pedig egészségügyi szolgáltatás volt. Az önsegélyező pénztárak 9,4 milliárd forintos támogatásának 45,7 százalékát a gyereknevelési, 37,7 százalékát az egyéb szociális támogatás, 7 százalékát pedig a keresőképtelenek támogatása adta.