A miniszter javaslata alapján a hatékonyabb irányítási struktúra megvalósításaként megszűnne a tárca nélküli miniszter munkáját jelenleg segítő két testület, és három új bizottság jönne létre a miniszter irányítása alatt.
Molnár Károly kiemelte: a legfontosabb újításnak a terület irányításában a tárcaközi forrásegyeztető tanácsot tartja, amely a szakértelem elvét előtérbe helyezve hatékonyabb forráselosztást eredményezhet a kutatás-fejlesztés területén. A tárcaközi forrásegyeztető tanács mellett megalakulhat a nemzeti innovációs fórum, valamint a nemzeti innovációs tanács, amelyek lehetőséget biztosítanak ahhoz, hogy a szakmai vélemények a döntéshozókhoz eljussanak.
Molnár Károly úgy vélte: jelentős innovációs fejlesztésekre van szükség ahhoz, hogy Magyarország hosszú távon is a célként meghatározott, közepes és magas hozzáadott értékű iparágak országává váljon. A kutatásfejlesztés területén a legnagyobb problémát jelenleg a korszerűtlen nonprofit kutatási hálózat, a kutatási tevékenységek elaprózódása, valamint a piacra, gazdaságra nyitott szemlélet hiánya jelentik. Az innovációs rendszer hiányosságai rontják a versenyképességet, amely nem segíti a kormányzat által meghatározott cél elérését.
A miniszter kifejtette: a kutatás és innováció legfőbb feladati közé a területre jellemző szemlélet és kultúra megváltoztatása, a hatékony támogatási rendszer kialakítása, a szellemi termékek védelme és felhasználása, a tehetséggondozás, az integrált irányítás működtetése, valamint a nemzetközi kapcsolatok erősítése tartozik.
A kutatásfejlesztés forrásai 2007-ben a GDP 0,97 százalékát tették ki, amely érték kismértékű csökkenést mutat a 2006-os forrásokhoz képest, azonban mindenképpen bíztató lehet a vállalati források növekvő mértéke a tavalyi év során. Az elmúlt évben jócskán közeledtek egymáshoz a vállalati, valamint az állami támogatások: míg a közfinanszírozás 170 milliárd forintra rúgott, addig a vállalatok 120 milliárd forinttal járultak hozzá a kutatásfejlesztéshez.