Az NFÜ közleménye szerint a két uniós tagállam célul tűzi ki a határ menti térség gazdasági versenyképességének erősítését, az emberek és közösségek közötti társadalmi és kulturális koherencia növelését, az elérhetőség és az információcsere javítását.
A hivatalosan Magyarország-Szlovákia határon átnyúló együttműködés operatív program nevet viselő dokumentum a 2007-2013 közötti tervezési időszakra szól. Finanszírozását 85 százalékban az európai regionális fejlesztési alap, 10 százalékban pedig a résztvevő tagállamok kormányzati hozzájárulásai biztosítják. A maradék 5 százalékot a forrásokat felhasználó végső kedvezményezettek biztosítják minden egyes projektben. A program keretében 176 millió euró uniós forrást használnak fel, amely kiegészülve a nemzeti hozzájárulásokkal 216 millió eurós közös fejlesztést biztosít az érintett régióknak.
2007 végétől várhatók a pályázati felhívások
Az együttműködésben magyar részről Győr-Moson-Sopron, Komárom-Esztergom, Pest, Heves, Borsod-Abaúj-Zemplén és Szabolcs-Szatmár-Bereg megye, valamint Budapest vesz részt. Partnereik szlovák részről Pozsony, Nagyszombat, Nyitra, Besztercebánya és Kassa.
A fejlesztési programot várhatóan júniusban fogadja el a magyar és a szlovák kormány, ezután nyújtják be az Európai Bizottsághoz. A program átfogó koordinációjáért a közös szervezetek felelnek, így többek között a Közös Monitoring Bizottság, amelynek egyik feladata a közös pályázati rendszer működtetése, a projektek kiválasztása és jóváhagyása. A pályázati felhívások várhatóan 2007 végén, 2008 elején jelennek majd meg.
Pályázni lehet majd határon átnyúló üzleti és gazdasági infrastruktúra létesítésére, vagy a már meglévő háttér fejlesztésére. Támogatásban részesülhetnek a közös iparági együttműködések, az úgynevezett klaszterek, továbbá az információszolgáltatási tevékenység mindkét ország kis- és középvállalkozásai számára.
Prioritást kap a közös turisztikai termékek fejlesztése, az idegenforgalmi célpontok és a hozzájuk kapcsolódó infrastruktúra kiépítése és korszerűsítése. Kiemelt figyelmet kap továbbá a vízgazdálkodás harmonizációja, az árvizek és szennyezések megelőzése, árvíz-előrejelző rendszerek kiépítése, tározók létesítése valamint a vízminőség javítása. A természetvédelmi együttműködés területén külön hangsúlyt kap a határon átnyúló nemzeti parkok és természetvédelmi területek fejlesztése. A közlemény szerint a gazdasági kapcsolatok élénkítéséhez szükséges a határ mentén elhelyezkedő településeket összekötő közlekedési infrastruktúra fejlesztése is.
A program végrehajtásáért magyar részről a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség, szlovák részről az Építésügyi és Vidékfejlesztési Minisztérium a felelős.