Elsőként a 2003-as költségvetésben szerepelt elkülönített forrás a Duna elterelése miatt jelentősen megváltozott vízviszonyok kedvezőtlen hatásainak enyhítésére. Az Országos Területfejlesztési Hivatal és jogelődjei 2003 óta működteti a Szigetköz és térsége, valamint a Mosoni-Duna rehabilitációjával és területfejlesztési feladataival kapcsolatos pályázati rendszerét. Az elfogadás előtt álló Területfejlesztési Koncepcióban lefektetett elvek szerint elsősorban olyan projektek megvalósítása támogatandó, amelyek a térség ökológiai állapotának helyreállítását célozzák: főként holtág- és tó rehabilitációt, valamint vízpótló rendszert tervező vagy kivitelező önkormányzatok pályáznak sikerrel. A beruházások jelentős költségigénye miatt kiemelt jelentőségűek az EU-s források igénybe vételét lehetővé tevő projektek.
A 2005. évi pályázat keretében Kolber István miniszter 195 millió forint támogatásról hozott döntést. A forrás mintegy 10 százaléka tervezési, 90 százaléka kivitelezési feladatok támogatására kerül felhasználásra. Míg korábban a fejlesztéseket lehetővé tevő tervezési munkák szerepeltek prioritásként, 2005. évi támogatások esetében a hangsúly a kivitelezési feladatokra helyeződött át. A támogatási szerződések megkötésére november végén kerül sor.
A térségen belüli fejlesztési és rehabilitációs célú engedélyezési tervek készíttetése Mosonmagyaróvár, Darnózseli, Dunaremete, Dunasziget, illetve Észak-Dunántúli Környezetvédelmi és Vízügyi Igazgatóság és a Vidra Környezetgazdálkodási Kft. nyert támogatást.
Az elfogadott területfejlesztési célokat szolgáló projektek meglévő, hatóságilag jóváhagyott engedélyezési tervek alapján történő megvalósítására a Mosonmagyaróvári Vízitársulat, Rajka, a Fertő-Hanság Nemzeti Park, Lipót és Mosonmagyaróvár városa kap támogatást.
