A bővítéssel kapcsolatos uniós reformgondolkodás idején kérdésessé vált, hogy a négy országot támogató kohéziós alap egyáltalán fennmarad-e, hiszen a hatálya alá eső országok közül három - Írország, Spanyolország és Portugália - esetében a múlt évtized végére lényegében már elérte célját, amikor ezek 1999. január 1-jén alapító tagként csatlakoztak a Pénzügyi és Gazdasági Unióhoz (EMU). Görögország 2002-ben csatlakozott hozzájuk. Ellenkező irányú érv volt viszont, hogy ez a pénzforrás segíthet majd az új tagok felzárkóztatásában és EMU-tagságának megalapozásában is. Végül az alap maradt, sőt keretét növelték.
A strukturális alap keretéből - az 1999-es berlini csúcstalálkozó döntéseinek értelmében - 2006-ig összesen 138,45 milliárd eurót azok a térségek kapnak, amelyek gazdasági jövedelme (GDP) kevesebb, mint az EU-átlag 75 százaléka. 24,8 milliárd euró a nehéz helyzetben lévő régiók felzárkóztatására fordítható, míg 25,5 milliárd munkahelyteremtő programokra. A fennmaradó mintegy 7 milliárd dollárt arra fordítják, hogy a központi segélytől a reform miatt eleső térségeknek átmeneti támogatást nyújtsanak megnövekvő terheik enyhítésére. A strukturális alap esetében az 1999-ben jóváhagyott reform célja az volt, hogy a támogatás célirányosabbá váljon, az elmaradottabb régiók és a támogatást kiemelkedően jól felhasználók több segítséget kapjanak, és összességében ne nőjön az alapra fordított EU-kiadás. A reformtól azt várják, hogy - bár csökken a támogatott területek száma - a folyósított segélyek hatása nagyobb lesz.
Az EU 2006-ig belépő új tagjai a belső támogatási alapokból ebben az időszakban kimaradnak, de felzárkózásukat külön pénzkeretből segítik. 2006-ig mintegy 58 milliárd eurót az EU kizárólag a keleti bővítésre különített el. Az EU-nak mindazonáltal várhatóan újabb reformra lesz szüksége ahhoz, hogy a költségvetés szinten tartása mellett az évtized második felében hatékonyan és erőteljesen támogatni tudja a szegényebb kelet-európai tagállamok felzárkóztatását.
Uniós források: felzárkóztatási alapok
Az Európai Unió belső felzárkóztatási pénzalapjai az EU közös költségvetésének elkülönített támogatási keretei, céljuk segíteni a tagországok jóléti szintjének egységesebbé válását, a gazdasági különbségek eltűnését az egyes térségek között.